掃描電子顯微鏡（SEM）是1965年發明的主要用于細胞生物學研究電子顯微鏡，主要是利用二次電子信號成像來觀察樣品的表面形態，即用極狹窄的電子束去掃描樣品，通過電子束與樣品的相互作用產生各種效應，其中主要是樣品的二次電子。

　　二次電子能夠產生樣品表面放大的形貌像，這個像是在樣品被掃描時按時序建立起來的，即使用逐點成像的方法獲得放大像。

　　掃描電鏡（SEM）是介于透射電鏡和光學顯微鏡之間的一種微觀形貌觀察手段，可直接利用樣品表面材料的物質性能進行微觀成像。掃描電鏡的優點是，①有較高的放大倍數，20-200000倍之間連續可調；②有很大的景深，視野大，成像富有立體感，可直接觀察各種試樣凹凸不平表面的細微結構；③試樣制備簡單，目前的掃描電鏡都配有X射線能譜儀裝置，這樣可以同時進行顯微組織形貌的觀察和微區成分分析（即SEM-EDS），因此它是當今十分重要的科學研究儀器之一。

　　⑴生物：種子、花粉、細菌……

　　⑵醫學：血球、病毒……

　　⑶動物：大腸、絨毛、細胞、纖維……

　　⑷材料 [1] ：陶瓷、高分子、粉末、金屬、金屬夾雜物、環氧樹脂……

　　⑸化學、物理、地質、冶金、礦物、污泥（桿菌） 、機械、電機及導電性樣品 ，如半導體(IC、線寬量測、斷面、結構觀察……）電子材料等。