掃描電鏡可粗略分為鏡體和電源電路系統兩部分。鏡體部分由電子光學系統，信號收集和顯示系統以及直空抽氣系統組成。掃描電鏡和光學顯微鏡及透射電鏡相比。

掃描電鏡具有以下特點:

(一) 掃描電鏡能夠直接觀察樣品表面的結構，樣品的尺寸可大至120mmx80mmx50mm。

(二) 樣品制備過程簡單，不用切成薄片。

(三) 樣品可以在樣品室中作三度空間的平移和旋轉，因此，可以從各種角度對樣品進行觀察。

(四)掃描電鏡景深大，圖象富有立體感。掃描電鏡的景深較光學顯微鏡大幾百倍，比透射電鏡大幾十倍

(五)圖象的放大范圍廣，分辨率也比較高。可放大十幾倍到幾十萬倍，它基本上包括了從放大鏡、光學顯微鏡直到透射電鏡的放大范圍。分辨率介于光學顯微鏡與透射電鏡之間，可達3nm。

(六)掃描電鏡電子束對樣品的損傷與污染程度較小。

(七) 掃描電鏡在觀察形貌的同時，還可利用從樣品發出的其他信號作微區成分分析。